《精灵宝可梦》中各神兽、幻兽间的关系错综复杂，让我们逐一探索。

首先，传说中的鸟宝可梦三鸟（急冻鸟、火焰鸟、闪电鸟）受洛奇亚领导，洛奇亚也是海洋之神，同时代表洋流。

超梦由火箭队创造，梦幻则是所有宝可梦的基因载体。三圣兽，即三狗（水君、炎帝、雷公），在钟之塔大火中化为凤王的使者。

时拉比能穿越时间，永恒的宝可梦三马桶（雷吉艾斯、雷吉洛克、雷吉斯奇鲁）设计原型分别基于冰河、石器、铁器时代。无限宝可梦拉帝亚斯与拉帝欧斯是水都的守护神，兄妹关系。

固拉多、盖欧卡、烈空坐分别代表陆地、海洋和天空，常因冲突引发恶劣天气。烈空坐通常被认为是领导者。基拉祈作为七夜的许愿星，与他人的关系较少。

代欧奇希斯是外星人宝可梦，与烈空坐有冲突。传说的湖之宝可梦三圣菇（由克希、艾姆利多、亚克诺姆）由阿尔宙斯创造，以塑造精神世界。

席多蓝恩本来设计为准神，但成为神兽后，成为孤儿。神奥三龙（帕鲁奇亚、帝牙卢卡、骑拉帝纳）由阿尔宙斯创造，分别代表空间、时间和反物质。

梦与月的宝可梦克雷色利亚和达克莱伊分别代表美梦和噩梦。雷吉奇卡斯是永恒宝可梦的领导者，玛纳霏是海洋之王，拥有引领海洋生物的能力。

圣剑士（勾帕路翁、毕利吉翁、代拉基翁和凯路迪欧）由三斗神救起并收养，凯路迪欧成为他们的领导者。三云神（龙卷云、雷电云、土地云）中土地云是丰收之神。

道之三龙（捷克罗姆、雷希拉姆、丘雷姆）由两兄弟和神龙衍生而来，丘雷姆被认为是领导者。美洛耶塔可能与三云神关系密切。

盖诺赛克特与神兽仅限于对抗。传说的气场宝可梦（哲尔尼亚斯、伊裴尔塔尔、基格尔德）中基格尔德被认为有领导地位。

蒂安希、胡帕、波尔凯尼恩、阿罗拉守护神（卡噗·鸣鸣、卡噗·蝶蝶、卡噗·哞哞、卡噗·鳍鳍）各司其职，保护不同区域。

究极异兽（虚吾伊德、爆肌蚊、费洛美螂、铁火辉夜、纸御剑、电束木、恶食大王、科斯莫古、科斯莫姆、索尔迦雷欧、露奈雅拉、奈克洛兹玛、毒贝比、四颚针龙、垒磊石、砰头小丑）在宝可梦世界中具有极大危险性。

传说的宇宙宝可梦（科斯莫古、科斯莫姆、索尔迦雷欧、露奈雅拉、奈克洛兹玛）被古阿罗拉人视为星之子、星之茧、吞食太阳之兽、邀引月亮之兽和光之掠夺者，奈克洛兹玛被认为是领导者。

最后，玛机雅娜和玛夏多，分别作为机关人偶宝可梦和潜入者角色，与神兽、幻兽间的关系独特。